研究院在国际微生物学权威刊物上发表SCI收录论文330余篇，总SCI影响因子1100(截止到2020年9月1日)。
2019年，研究院在 FEMS Microbiol Rev 上发表题为“Structure and genetics of Escherichia coli O antigens”的文章，影响因子11.392。
2019年，研究院在 Molecular Biology and Evolution 上发表题为“Living Trees: High Quality Reproducible and Reusable Construction of Bacterial Phylogenetic Trees”的文章，影响因子10.217。
2017年，研究院在 Metabolic engineering 上发表题为“Metabolic engineering of Escherichia coli for the production of 2′-fucosyllactose and 3-fucosyllactose through modular pathway enhancement”的文章，影响因子8.142。
20 2017年，研究院在Plos Pathogens上发表题为“Signal transduction pathway mediated by the novel regulator LoiA for low oxygen tension induced Salmonella Typhimurium invasion”的文章，影响因子6.608。
20 2017年，研究院在Molecular & cellular proteomics上发表题为“ Identification of a novel Salmonella type III effector by quantitative secretome profiling”的文章，影响因子6.539。
2016年，研究院在 PNAS 上发表题为“Origins of the current seventh cholera pandemic”的文章，影响因子9.423。
2015年3月，研究院在 Nature Communications 上发表题为“Enterohemorrhagic Escherichia coli senses low biotin status in the large intestine for colonization and infection”的文章，影响因子10.74。
2015年6月，研究院在 Nucleic Acids Research 上合作发表题为“Widespread occurrence of N6-methyladenosine in bacterial mRNA”的文章，影响因子9.112
2015年8月，研究院在 Nucleic Acids Research 上合作发表题为“ChIP-seq reveals the global regulator AlgR mediating cyclic di-GMP synthesis in Pseudomonas aeruginosa”的文章，影响因子9.112
2012年6月，研究院在Genome Biology 上合作发表题为“The multiplicity of divergence mechanisms in a single evolving population” 的文章，影响因子9.036。
2012年1月，研究院在Nucleic Acids Research 上发表题为“A novel nonhomologous recombination-mediated mechanism for Escherichia coli unilateral flagellar phase variation” 的文章，影响因子8.026。
2011年9月研究院在PLOS Pathogens.(IF:9.079)上发表合作论文“Genomic and Proteomic Analyses of the Fungus Arthrobotrys oligospora Provide Insights into Nematode-Trap Formation”。
2008年4月24日，《自然》以封面文章的形式发表了由我研究院和美国夏威夷大学共同主持完成的《转基因热带水果植物－木瓜的基因组草图》，这是世界上首次绘制完成一株转基因经济作物的全基因组图谱。对木瓜基因组的深入分析,可以揭示植物性别决定机制的起源和进化，对其高产、高质和抗病相关基因的预测将为木瓜功能基因组学的研究和合理运用木瓜资源奠定基础。这一工作对农作物育种、农业生产和人类对转基因植物的认识具有极重要的意义。这也是我国继人类基因组计划和超级杂交水稻计划后参与的又一项大型国际基因组合作研究计划，该重大科技创新成果的取得对我市科技发展，特别是现代农业和生物医药领域的跨越发展具有重要意义。
这是我国生命科学领域自2000年以来第三次在《自然》杂志发表封面文章，也是天津市首次在《自然》杂志发表封面文章。
2007年12月，研究院在《自然》杂志上发表论文，首次证实了甲烷可在极端酸性条件下被生物降解，发现了一个全新的甲烷氧化途径及进化机理。
2007年3月27日，研究院在国际顶级学术刊物《美国科学院院刊》(PNAS)上发表了嗜热采油细菌NG80-2的全基因组破译和重要功能基因的研究论文。首次阐明了微生物的长链烷烃降解途径及进化机理。这是世界上首次完成了一株重要的采油微生物的全基因组破译，揭示了其遗传信息并首次发现重要代谢路径，为清除石油污染带来新的曙光，对于微生物采油技术的革新亦具有重要意义。其中的关键发现已经申请了国际专利保护。