在完成全基因组或部分基因组破译和分析的基础上，全面采用蛋白组学、代谢组学、系统生物学等现代组学的研究方法对重要病原微生物（大肠杆菌、志贺氏菌、沙门氏菌、霍乱弧菌等）和重要工业微生物（石油微生物、生防微生物、工业真菌、极端微生物等）进行深入系统的研究，探索微生物学重大基础理论问题。

主要研究以下内容： 

◆比较基因组学：主要以微生物表面多糖抗原为研究对象，进行分子遗传与进化基本问题，例如DNA横向转移、致病形成机理等方向的研究。

◆比较基因组学：分子进化钟的研究。