2011年1月至2015年8月，实验室固定研究人员共发表论文425篇，其中SCI收录论文283篇，总影响因子868.507；署名重点实验室的论文共249篇，其中SCI收录论文194篇，总影响因子605.479，平均影响因子3.121，单篇最高影响因子13.231。
近五年较为突出的论文包括：Nature Communications 2篇（影响因子10.742），FEMS Microbiology Reviews 1篇（影响因子13.231），PLoS Pathog 1篇（影响因子9.079），Genome Biology 1篇（影响因子9.036 ），Nucleic Acids Res 3篇（影响因子8.026）。
木瓜基因组的研究成果于2008年4月24日在Nature杂志上以封面文章的形式发表，这是我国生命科学领域自2000年以来第三次在Nature发表封面文章。Science、Nature Biotechnology 、Genome Biology等国际权威杂志也对该工作进行了评述。（通讯作者：王磊）
对一株对温室效应具有控制作用的重要菌株进行了基因组学的研究于2007年12月在国际顶级刊物Nature发表。这是天津市和南开大学的第一篇Nature杂志文章。 （通讯作者：王磊）
•嗜热采油微生物-芽孢杆菌NG80-2的基因组学和功能基因组学研究成果在美国科学院院刊PNAS上发表，是天津地区诞生的第一篇PNAS论文。（通讯作者：王磊）
欧洲微生物学权威综述期刊FEMS Microbiol Rev.责任编辑David Gutnick教授邀请我们撰写总结全部志贺氏菌O抗原分子遗传与进化的综述文章，David Gutnick教授和文章的审稿人均对该综述给予高度评价：“非常及时并且全面和详细，对这一研究领域是一个重要的贡献” 。 （通讯作者：王磊）
Anoxybacillus flavithermus WK1是一株在新西兰发电站污水中分离得到的高温菌，能够使污水中的Na2SiO3还原为单质Si，并形成一种晶体结构，产生硅化。我们破译了该菌的全基因组序列并进行了分析，结合蛋白质组学数据，预测了产生硅华现象的代谢途径，并通过体外实验进行了鉴定。结果发表在Genome Biology上。 （通讯作者：王磊）
发现JDV的转录激活蛋白Jtat影响了微管的动力学，进而引发细胞凋亡，为更好地了解细胞的微管动力学和研究JDV的致病机理提供了新的实验和理论依据。该成果发表在J Biol Chem.上 。（通讯作者：耿运琪）
Jtat蛋白在细胞中与微管的共定位
通过酵母双杂交实验，“钓”出并确证细胞中干扰素诱导的35 KDa蛋白（IFP35）可与牛泡沫病毒反式激活因子BTas相互作用，通过干扰BTas对自身启动子 LTR的反式激活，抑制BFV的复制。IFP35同样能够抑制人泡沫病毒PFV的复制，由此推测IFP35的抑制作用是泡沫病毒在宿主细胞内长期处于潜伏状态的重要原因之一。成果发表在J Virol. 上。（通讯作者：耿运琪）
利用超高效液相色谱与电喷雾质谱联用技术（UPLC/ESI-MS）对天蓝黄链霉菌的次级代谢组学进行了研究，以6个已知化合物为标准品建立的研究方法，共描述了80个α-糖苷酶抑制剂类阿卡他定家族化合物的化学结构轮廓，其中65个是首次报道的新化合物，为明确该菌株产生抗糖尿病化合物的检出奠定了基础。该成果发表在Anal Chem.上。 （通讯作者：白钢）
| •译著：基因工程词典 |  |
| •出版社：高等教育出版社 | |
| •作 者：（德）卡尔 | |
| •译者：陈启民、耿运琪等 | |
| •ISBN：9787040158779 | |
| •页 数：979 | |
| •出版日期：2007-07-01 第1版 第1次印刷 |
| •译著：微生物生物学 |  |
| •出版社：科学出版社 | |
| •作 者：（[美]马迪根 等编著 | |
| •译者：李明春、杨文博 主译，刘方等参译 | |
| •ISBN：9787030212627 | |
| •页 数：1467 | |
| •出版日期：2009-01-12，第1版，第1次印刷 |
| •著作名称：《普通真菌学》第2版 |  |
| •出版社：高等教育出版社 | |
| •作 者：邢来君、李明春、魏东盛编著 | |
| •ISBN： 978-7-04-029131-5 | |
| •页 数：429 | |
| •出版日期：2010-06 |
| •著作名称：《微生物学》 |  |
| •出版社：高等教育出版社 | |
| •作 者：杨文博，李明春主编 | |
| •ISBN： 978-7-04-029976-2 | |
| •页 数：372 | |
| •出版日期：2010-11 |
| •译著名称：精要速览系列，《微生物学》（第三版），中译版 |  |
| •出版社：科学出版社 | |
| •译者：李明春、杨文博主译，李国强、梁勇、蔡峻等 | |
| •ISBN：978-7-03-028057-2 | |
| •页 数：340 | |
| •出版日期：2010-06 |
| •译著名称：《分子生物学》 |  |
| •出版社：高等教育出版社 | |
| •作（译）者：主编：陈启民、耿运琪；参编：王金忠、王颖等 | |
| •ISBN：978-7-04-028645-8 | |
| •页 数：420 | |
| •出版日期：2010-03 |
| •著作名称：《Endotoxins: Structure, Function and Recognition》的Chapter6 ：The Variation of O Antigens in Gram-Negative Bacteria |  |
| •出版社：Springer | |
| •著作作者：Xiaoyuan Wang，Peter J. Quinn 第六章作者：王磊、王荃、Peter R.Reeves | |
| •ISBN：978-90-481-9077-5 | |
| •页 数：422 | |
| •出版日期：2010-07 |
| •著作名称：《天津市微生物菌种目录》 |  |
| •出版社：化学工业出版社 | |
| •作者：宋存江、刘方、路福平 | |
| •ISBN：978-7-122-12219-3 | |
| •页 数：215 | |
| •出版日期：2011-11 |
| •著作名称：微生物发酵工程综合实验原理与方法 |  |
| •出版社：南开大学出版社 | |
| •作者：宋存江 | |
| •ISBN978-7-310-03835-0 | |
| •页 数：183 | |
| •出版日期：2012-01 |
| •著作名称：慢病毒与泡沫病毒分子生物学 |  |
| •出版社：科学出版社 | |
| •作者：耿运琪 等 | |
| •ISBN：978-7-03-034123-5 | |
| •页 数：796 | |
| •出版日期：2012-05 |
| •著作名称：慢病毒与泡沫病毒分子生物学文选 |  |
| •出版社：南开大学出版社 | |
| •作者：耿运琪 主编 | |
| •ISBN：978-7-310-03909-8 | |
| •页 数：644 | |
| •出版日期：2012-01 |