主要配备曙光EP440、EP580、EP850、惠普DL785、戴尔R815、联想RD450、SUNV880等数十台计算机组成的高性能计算集群，其中既包括单节点64计算核心，1T内存，独立GPU的高配节点；也包括单节点40核心，64G内存的普通计算节点。另外还拥有SGI CMN017图形工作站等设备。总存储空间超过500TB，并已自行研发了GA-Plot，Virtual Genome等一整套生物信息学软件。可利用高精度的比较基因组学分析技术，发现不同基因组间的全部差异，挖掘与重要生理生化功能相关的基因；通过转录组、蛋白组分析，代谢网络分析，进一步筛选重要性状相关基因，并从整体水平分析其作用和调控机制。